Nenhum outro reprodutor de música além do iPod pode reproduzir os arquivos protegidos digitalmente vendidos na iTunes Music Store. A Apple possui uma tecnologia de encriptação acoplada junto aos arquivos AAC vendidos na loja usando seu sistema FairPlay de maneira com que apenas computadores autorizados possam reproduzi-los.

Steve Jobs já declarou que esta restrição foi feita para aumentar a venda de iPods. Os usuários podem passar por cima da proteção ao gravar os arquivos protegidos em um CD e então passando suas músicas de volta para o computador como arquivos desprotegidos, mas isso pode tornar-se uma atividade entediante e resulta em perda na qualidade de áudio com cada interação. Nos EUA, também pode violar o Digital Millenium Copyright Act.

Outra maneira seria utlizando um programa de terceiros para retirar a proteção. Alguns desses programas incluem o Hymn ou com o próprio programa da Apple, o Final Cut Pro. Um desenvolvedor anônimo também criou o iOpener, um programa que encontra arquivos AAC protegidos no computador de um usuário e os converte para arquivos AAC sem codificação. [5]

Em março de 2005, Jon Johansen ("DVD Jon") lançou um programa chamado PyMusique que permite que clientes da iTunes Music Store comprem canções sem restrições de cópia.

No mês de janeiro, em anúncio na MacWorld Expo 2006, Steve Jobs anunciou que a iTunes Music Store vendeu 850 milhões de canções.

Em fevereiro de 2006, a Apple lança uma promoção em seu site para comemorar o número de 1 bilhão (um mil milhão em Portugal) de músicas vendidas. A partir da música número 950 milhões, a cada cem mil músicas vendidas, a Apple daria ao usuário comprador um iPod Nano Preto 4GB e um cartão no valor de 100 dólares para compras na iTunes Music Store. O usuário que adquirisse a canção de número 1 bilhão levaria para casa um iMac de 20 polegadas, 10 iPods 60GB, 10 mil dólares para compras na iTunes Music Store, além de uma bolsa de estudos em uma escola renomada de músicas. "Você pode ajudar a lançar carreiras de uma geração inteira de músicos", dizia o anúncio.

No momento, a iTunes Music Store está presente em 21 países.